6枚にする意味、1コストの存在価値

1部隊あたりの戦闘力を下げたり、操作負担を増やしてでも6枚にする理由はいくつかあります。
・枚数が1枚多いことで、計略・伏兵・端投げなど、構築時点で役割を分散できる(低枚数だと複数の役割を兼ねる必要がある)
・守城ローテの際に余裕ができる(低枚数だと守るor回復のどちらかのみ)
→例:3箇所を守るのに2,2,2部隊でローテ可
・(6枚号令)枚数差が付くことで、乱戦できないところの攻城が入る(低枚数だと全箇所守られてしまう)

受けや妨害主体のデッキは、どこかで取ったリードを守り切る戦略を取ることから、
計略の選択肢や、常に戦闘を継続できる回転力が求められるので、1部隊あたりの戦闘力を下げてでも1枠を作った方が強いです。
実際に使ってみると分かりますが、主力部隊+αに注力すればいいので、操作負担はそこまででもないですよ。
(主力部隊や戦闘が起きている箇所以外は、いるだけで対処を迫れるので、棒立ちでも十分)

撃破時○○系の計略は、受け主体のデッキを咎めるデザインのカードなので、TCGである以上、相性は仕方ないと思います。
超絶鉄砲が4枚鈍足号令にめっぽう強いけど、騎馬単に無力なのと同じ枠ですね。

たぶん好みだったり考え方の違いってくらいだと思います。
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あくまで自分のイメージですが、
・４枚型は、しっかり戦闘して、戦闘に勝って一気に攻城をもぎ取る印象。
・６枚型は、戦闘は勝てるところだけして、あとの部隊は戦わずに時間稼ぎだったり嫌がらせしたりして守り勝つ印象
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って感じだと思うので、４枚型のように自分が攻めたり戦いに行く前提の考え方だと２コス以上の強い部隊が多くいた方が戦闘に勝ちやすく勝った時のリターンが大きいので、１コストが複数いても邪魔なだけと感じやすいかもしれません。（ターン制で戦って試合終了時にはお互いに城ゲージが50％以下になっているイメージ）
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ただ、６枚型のように守り前提や戦わない前提の考えだと、1％だけでも良いからリードをとってあとは守り切りたいので、低コストでも複数部隊いた方が端攻めが成功したりローテーション防衛がしやすかったりと合理的なんですよね。（城ゲージ100％対99％で勝負が終わるイメージ）